Pondok Pesantren Fatkhul Mu'in Purwokerto berdiri sejak September 2011 yang diasuh oleh Dr. K.H. Nasrudin, M.Ag dan Hj. Durotun Nafisah, S.Ag. M.S.I. Pondok Pesantren Fatkhul Mu'in Purwokerto merupakan cabang dari Pondok Pesantren Fatkhul Mu'in Wonosobo yang berdiri sejak tahun 2006 yang diasuh dan didirikan oleh KH. Abdul Ghofir dan Ibu Nyai Hj. Istiqomah Masykur. Berdirinya Pondok Pesantren Fatkhul Mu'in Purwokerto berawal dari kajian mingguan tadarus dan tafsir Al-Qur'an yang diikuti oleh Mahasiswa IAIN Purwokerto yang sekarang UIN Prof. K.H SAIFUDDIN ZUHRI PURWOKERTO dimana mereka datang disaat kegiatan dan pulang kembali ke tempat domisilinya setelah kegiatan selesai. Mulai tahun 2012 para santri mulai menetap di asrama Pondok Pesantren Fatkhul Mu'in Purwokerto dan sebagian rumah sekitarnya. Pendirian Pondok Pesantren Fatkhul Mu'in ini secara umum merupakan respon akan kebutuhan masyarakat akan pentingnya menyiapkan generasi yang mempunyai basis iman yang kuat, akhlak yang mulia serta, berwawasan keislaman yang inklusif serta mempunyai jiwa yang kokoh, bersih dan teguh pendirian. Di samping itu, pendirian Pondok Pesantren Fatkhul Mu'in juga merupakan respon terhadap kebutuhan mahasiswa/mahasiswi UINSAIZU Purwokerto untuk pengayaan materi-materi keislaman termasuk untuk meningkatkan kemampuan baca tulis Al-Qur'an (BTA) dan praktek pengalaman ibadah (PPI).